مقاله با موضوع تکرارهای، ، مارکرها، مارکرهای، مارکر، تایی، جایگاه، مارکرهای

تحقیق، ابتدا با استفاده از روش غیر مستقیم آنالیز پیوستگی، امکان پیوسته شدن هر یک از
این جایگاه های ژنی با مارکرهای STR را بررسی کردیم. در صورت پیوسته شدن هر یک از این جایگاه های ژنی با مارکرهای STR، این نمونه ها جهت تائید وجود جهش و همچنین تعیین نوع و جایگاه آن با استفاده از روش توالی یابی مورد بررسی قرار می گیرند.
انتخاب مارکرهای مناسب برای هر جایگاه ژنی است که توسط روشهای بیوانفورماتیکی صورت می گیرد اولین مرحله است.
3-7-3-1 انتخاب مارکرهای STR
جهت انجام آنالیز پیوستگی برای هر کدام از این جایگاه ها، حداقل سه مارکر STR انتخاب شد. از آنجائیکه جایگاه های ژنی مورد بررسی در این تحقیق همگی دارای ژنهای شناخته شده هستند، در هنگام انتخاب مارکرها سعی بر این شد که نزدیک ترین مارکرها به ژن در جایگاه ژنی مربوطه جستجو و انتخاب گردد. از این رو جهت جستجوی مارکرهای STRمناسب تر، از وب سایت بیوانفورماتیکی UCSC Genome Browser استفاده شد که طی آن ترتیب مارکرها نسبت به ژن و جایگاه ژنی موردنظر با استفاده نقشه توالی در این وب سایت به دست آمد. فاصله فیزیکی هر کدام از مارکرها (بر اساس جفت باز) به طور دقیق در وب سایت UCSC Genome Browser مشخص و سپس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی NCBI (UNISTS) تائید دوباره شد[83,84] .
براساس اطلاعات ذکر شده در این سایت های اطلاعاتی و همچنین پایگاه اطلاعاتی ژنوم میزان هتروزیگوتی مارکرها در جمعیت‌های مختلف و تعداد تکرارهای هر کدام از آنها تعیین شد. تکرارهای تترانوکلئوتیدی کمتر از تکرارهای دی نوکلئوتیدی شایع هستند، اما به عنوان مارکرهای ژنتیکی بسیار مفیدتر از آنها می‌باشند، زیرا قطعات تکثیر شده توسط PCR شامل تکرارهای تترانوکلئوتیدی در مقایسه با تکرارهای دی نوکلئوتیدی بهتر در ژل الکتروفورز باز می شوند.
سپس با مقایسه فاصله فیزیکی مارکرها، نزدیک ترین مارکرها به ژن مورد نظر انتخاب شد. نکات دیگری که در انتخاب مارکرها در نظر گرفته شد تعداد تکرارهای آنها و همچنین فرکانس آللی آنها بود. مارکرهایی که حتی الامکان دارای تکرارهای 4 تایی و بعد 3 تایی و بعد 2 تایی بودند و همچنین فرکانس آللی بالایی در جمعیت های دیگر انتخاب شد، به خصوص جمعیت ‌‌هایی که با ساختار مشابه با جمعیت ایران بودند.
در مرحله آخر، توالی پرایمرهای مربوط به آنها جهت تکثیر از سایت های بیوانفورماتیکی تهیه گردید. لیست تمامی مارکرهای سفارش داده شده برای هر جایگاه به همراه شکل شماتیکی از چگونگی قرار گیری آنها ارائه می شود.
3-7-3-1-1 ژن GJB4
752475306705جدول 3-3 مارکر های ژن GJB4
00جدول 3-3 مارکر های ژن GJB4

MARKER ANNEALING TEMP. ˚C DISTANCE
(bp) REPEATS
D1S1570 50 158-174 di
D1S496 55 213-239 di
D1S195 56 183-189 di
6686551814195شکل 3-1 موقعیت مارکرهای ژن GJB4
00شکل 3-1 موقعیت مارکرهای



قیمت: 10000 تومان

متن کامل در سایت homatez.com