مقاله با موضوع تكرارهاي، ، ماركرها، مارکرهای، مارکر، تايي، جايگاه، ماركرهاي

تحقیق، ابتدا با استفاده از روش غیر مستقیم آنالیز پیوستگی، امکان پيوسته شدن هر يك از
اين جايگاه های ژني با ماركرهاي STR را بررسي کرديم. در صورت پيوسته شدن هر يك از اين جايگاه های ژني با ماركرهاي STR، این نمونه ها جهت تائید وجود جهش و همچنین تعیین نوع و جایگاه آن با استفاده از روش توالی یابی مورد بررسی قرار می گیرند.
انتخاب مارکرهای مناسب برای هر جایگاه ژنی است که توسط روشهای بیوانفورماتیکی صورت می گیرد اولین مرحله است.
3-7-3-1 انتخاب مارکرهای STR
جهت انجام آنالیز پیوستگی برای هر کدام از این جایگاه ها، حداقل سه مارکر STR انتخاب شد. از آنجائیکه جایگاه های ژنی مورد بررسی در این تحقیق همگی دارای ژنهای شناخته شده هستند، در هنگام انتخاب مارکرها سعی بر این شد که نزدیک ترین مارکرها به ژن در جایگاه ژنی مربوطه جستجو و انتخاب گردد. از این رو جهت جستجوی مارکرهای STRمناسب تر، از وب سایت بیوانفورماتیکی UCSC Genome Browser استفاده شد که طی آن ترتيب ماركرها نسبت به ژن و جايگاه ژني موردنظر با استفاده نقشه توالی در این وب سايت به دست آمد. فاصله فيزيكي هر کدام از ماركرها (بر اساس جفت باز) به طور دقیق در وب سایت UCSC Genome Browser مشخص و سپس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی NCBI (UNISTS) تائید دوباره شد[83,84] .
براساس اطلاعات ذكر شده در این سایت های اطلاعاتی و همچنین پايگاه اطلاعاتي ژنوم ميزان هتروزيگوتي ماركرها در جمعيت‌هاي مختلف و تعداد تكرارهاي هر کدام از آنها تعیین شد. تكرارهاي تترانوكلئوتيدي كمتر از تكرارهاي دي نوكلئوتيدي شايع هستند، اما به عنوان ماركرهاي ژنتيكي بسيار مفيدتر از آنها مي‌باشند، زيرا قطعات تكثير شده توسط PCR شامل تكرارهاي تترانوكلئوتيدي در مقايسه با تكرارهاي دي نوكلئوتيدي بهتر در ژل الكتروفورز باز مي شوند.
سپس با مقایسه فاصله فيزيكي ماركرها، نزديك ترين ماركرها به ژن مورد نظر انتخاب شد. نكات ديگري كه در انتخاب ماركرها در نظر گرفته شد تعداد تكرارهاي آنها و همچنين فركانس آللي آنها بود. ماركرهايي كه حتی الامكان داراي تكرارهاي 4 تايي و بعد 3 تايي و بعد 2 تايي بودند و همچنين فركانس آللي بالايي در جمعيت هاي ديگر انتخاب شد، به خصوص جمعيت ‌‌هایي که با ساختار مشابه با جمعيت ايران بودند.
در مرحله آخر، توالی پرايمرهاي مربوط به آنها جهت تکثیر از سايت هاي بيوانفورماتيكي تهیه گردید. لیست تمامی مارکرهای سفارش داده شده برای هر جایگاه به همراه شکل شماتیکی از چگونگی قرار گیری آنها ارائه می شود.
3-7-3-1-1 ژن GJB4
752475306705جدول 3-3 مارکر های ژن GJB4
00جدول 3-3 مارکر های ژن GJB4

MARKER ANNEALING TEMP. ˚C DISTANCE
(bp) REPEATS
D1S1570 50 158-174 di
D1S496 55 213-239 di
D1S195 56 183-189 di
6686551814195شکل 3-1 موقعیت مارکرهای ژن GJB4
00شکل 3-1 موقعیت مارکرهای



قیمت: 10000 تومان

متن کامل در سایت homatez.com

About: admin