سامانه پژوهشی – مطالعه برهمکنش گرافن و پروتئین ۹۳OTQ- قسمت ۵

اسید آمینه در شیمی به هر مولکولی که شامل گروهای کاربردی آمینه و کربوکسیلیک اسید است گفته می شود. اسید آمینه واحد تشکیل دهنده پروتئین است. اسیدهای آمینه در هنگام ساخته شدن پروتئین ها به یکدیگر می پیوندند. ار ان ای در زیست شیمی به اسیدهای آلفا آمینو که در آنها کارکردهای آمینو و کاربوکسیلات هر دو به کربنی یگانه چسبیده اند اسید آمینه می گویند. در (شکل۲-۳) ساختار عمومی آلفا آمینو اسید، با گروه آمینو در چپ و گروه کربوکسیل در راست نشان داده شده است.
 
۲٫Electron crystallography
۳٫Protein Data Bank(PDB)
(شکل۲-۳): ساختارعمومی آلفا آمینو اسید، با گروه آمینو در چپ و گروه کربوکسیل در راست
۲-۴-ساختار اسیدهای آمینه
هر اسید آمینه از یک کربن نامتقارن به نام کربن آلفا تشکیل یافته است که با چهار گروه مختلف کربوکسیلCOOH اتم هیدروژن، گروه آمینه بازیNH2 و یک زنجیره غیرجانبی -Rپیوند برقرار می کند ریشه R ممکن است یک زنجیره خطی و یا یک حلقه کربنی باشد، عوامل دیگری مانند الکل، آمین، کربوکسیل و نیز گوگرد می توانند در ساختمان ریشه شرکت کنند، زنجیره جانبی خود چندین اتم کربن دارد و آنها را به ترتیبی که از کربن آلفا، فاصله می گیرند، با حروف بتا( ) ، گاما() و دلتا( )نشان می دهند. در حالی که عاملCOOH روی کربن آلفا قرار دارد. عامل NH2. روی کربن هایی غیر آلفا قرار دارد. نوع اسیدآمینه به ، . وتغییر خواهد کرد. اسیدهای آمینه آزاد به مقدار ناچیز در سلول ها وجود دارند. بیشتر اسیدهای آمینه آلفا در سنتز پروتئین شرکت می کنند. در صورتی که اسیدهای آمینه بتا، گاما و دلتا واسطه های شیمیایی هستند. بیشتر اسیدهای آمینه در PH=7 به صورت دو قطبی در می آیند یعنی گروهNH2 پروتئین می گیرد و گروهCOOH هیدروژن خود را از دست می دهد و به صورتCOO در می آید. زنجیره جانبی گروهR برای پروتئین ها می تواند یکی از ۲۰ گروه ممکن باشد و بدین ترتیب یک آلفای ۲۰ حرفی برای ساخت پروتئین ها بوجود می آید. این بیست اسید آمینه می توانند با هر ترتیب و به هر تعداد در ساختار یک پروتئین دخالت کنند.
۲-۵-ایزومری در اسیدهای آمینه
مطابق قرارداد اگر ساختمان فضایی یک اسید آمینه را در نظر بگیریم، چنانچه عاملNH2 که به کربن آلفا متصل است در طرف چپ باشد، می گوییم که این اسید آمینه از نوع L است و هرگاه عاملNH2 در طرف راست کربن آلفا قرار گیرد گوییم که این اسید آمینه از نوعΔ است، اسیدهای آمینه طبیعی همگی از نوعL هستند.
۲-۵-۱- ساختار و نماد تعدادی اسید آمینه
بیست نوع اسیدآمینه در تشکیل پروتئین ها شرکت دارند. براساس خواص شیمیایی آنها بیست اسید به سه گروه تقسیم می شوند. این سه گروه عبارتند از:
الف-هیدروفوبیک
ب- قطبی
ج-باردار(مثبت و منفی)
در هریک از این دسته‌ها می‌توان زیر دسته‌هایی با جزئیات بیشتر تعریف نمود. مانند آروماتیک یا الیفاتیک، کوچک یا بزرگ و غیره.
۱-آلانین:
 
(شکل۲-۴):آلانین
آلانین یک اسید آمینه نوع یک با فرمول شیمیاییCH3CH(NH2)COOHاست. این اسید آمینه غیر ضروری است، که در زنجیر جانبی آن یک گروه متیل به کار رفته و از این رو یک اسیدآمینه غیر قطبی هم هست. کدون های آلانین عبارتنداز:
GCU، GCC، GCA و GCG
*******************************************************۲-آرژنین
 
(شکل۲-۵):آرژنین
آرژنین یک اسید آمینه نوع یک با فرمول شیمیایی C6H14N4O2 است. در جانوران فرمL آرژنین بسیار رایج است.این اسیدآمینه نیمه ضروری است.
*******************************************************
۳-آسپاراژین
 
(شکل۲-۶):آسپاراژین
آسپاراژین یک اسید آمینه نوع یک با فرمول شیمیایی C4H8N2O3است.
***************************************************
۴-اسید آسپارتیک
 
(شکل۲-۷):اسید آسپارتیک
اسید آسپارتیک یک آلفا آمینو اسید(-aminoacid) با فرمول شیمیایی COOHCH2CH(NH2)COOH است. نمک اسید آسپارتیک آسپارتات نامیده می شود. ایزومر L آسپارتات، یکی از بیست اسیدآمینه ی اصلی یاخته های زنده است.
*******************************************************
۵-سیستئین
 
(شکل۲-۸):سیسئین

این مطلب را هم بخوانید:   مطالعه تجربی و مدلسازی ریاضی خشک کن آنالیز بیان چندین ژن مهم در ...

برای دانلود متن کامل این فایل به سایت torsa.ir مراجعه نمایید.